國家理論科學中心 (NCTS) 於1998年8月設立，帶動理論物理的快速發展，培育許多理論物理的研究人員。2004年之後，除新竹中心之外 NCTS 增設南部和北部兩據點，南部據點選在國立成功大學。為配合NCTS的運作，成功大學提供一棟建築、四名職缺、以及相當的資金補助，建立中心運作的基本軟硬體設施。南區做為材料計算 (CMR) 和量子資訊 (QIS) 兩個主題研究群的基地。提供 NCTS 在南台灣拓展的重要據點。

 

國家理論科學研究中心(南區)由2004年1月1日起至2006年1月31日止子計劃二主持人由成大物理系(原成大副校長及教務長)李建二教授擔任。李建二教授於95年1月31日退休，接著由成大物理系(原理學院院長)傅永貴教授擔任。成大理學院亦於2005年6月14日經院務發展委員會會議通過成立理論科學研究中心，中心成員分為數學與物理組，協助國家理論科學研究中心(南區)計畫運作。2014年12月31日國家理論研究中心(南區)因計畫終止而正式結束(計畫業務於2015年3月31日停止運作)。目前，成功大學理論科學研究中心接續運作中，數學組主任由成大數學系柯文峰教授擔任、物理組主任由成大物理系系主任擔任。

 

2004年以來的運作，NCTS 在南台灣發揮很大的影響力。數學組是由計畫主持人召集之審議委員會制定政策及辦法，並規劃定期的專題研討、專業課程講習及學生研討與不定期地邀請國內外專家學者到校進行學術交流、舉辦專題短期講習、工作坊及研討會等相關活動。領域研究規劃主要包含代數組、幾何組、偏微分方程組、應用分析與計算數學組。物理組在量子資訊方面的研究，從無到有，目前已然形成一個有相當份量的世界性據點。每年舉辦一次國際研討會，與德國、日本、以色列等都有實質的合作。特別是對開放量子系統的 de-coherence 過程之量子理論有重要的貢獻。