本系於民國四十八年成立，七十三年增設化學研究所碩士班，八十一年成立博士班。本系舊館座落於成功校區中心，為一棟幽谷思情二層樓建築，新館位於舊館西南側理化大樓，最具現代化的六層樓建築。 本系所師資敦實，學術氣氛濃厚以及研究風氣盛行，學習環境甚佳，擁有豐富藏書之外，另有完善的實驗設備。 學程規劃注重化學各領域之均衡發展，包含有機、無機、分析、物化、生化以及材料等專業學科，並積極尋求跨領域學術研討，藉以開拓學生視野，培育多方位處理化學問題的能力與素養，進而達其國家總體經濟建設之需求。